Les systèmes de traitement anaérobie fonctionnent sans apport d'oxygène et conviennent aux zones où l'approvisionnement énergétique est limité ou où la charge biologique est faible. Ils transforment les déchets organiques en biogaz, réduisant ainsi le volume des boues. Ces systèmes nécessitent peu d'entretien et sont parfaits pour les applications à petite échelle ou comme prétraitement des systèmes IBA.